Az AGRYA-ban 2010-óta zajlik egy szervezeti átalakítás, amely a 2013. évi Országos Gyűléssel lényegében lezárult. A szervezeti átalakítás célja a működés hatékonyabbá tétele mellett az AGRYA felkészítése volt az általános érdekképviseleti funkciók ellátására. A folyamat részeként 2010-ben a két társelnök megválasztásával a szakmai képviseleti és szervezet működtetési funkciók szétválasztása indult el, majd 2012-ben a tagfelvételi korhatárt emelte 40 évre az Országos Gyűlés.

Az átalakítási folyamat utolsó fázisaként a 2013. évi Országos Gyűlés létrehozta az AGRYA-n belül a hivatásrendi alapon szerveződő szakmai egységeket, a tagozatokat. A tagozatok mellett működik a KAP 2014 Tervezési Munkacsoport. A megalakult öt tagozat a következő:

Kertészeti és Termelői Szervezeti Tagozat
Tagozati elnök: Szakács Roland, gyümölcs kertész, TÉSZ elnök, Nyíregyháza

Szántóföldi Növénytermesztési Tagozat
Tagozati elnök: Dr. Magyar István, növénytermesztő, Jászfelsőszentgyörgy

Állattenyésztési Tagozat
Tagozati elnök: Gazdóf Katalin, marhatartó, Tiszalúc

Termálvíz Tagozat
Tagozati elnök: Bakó Dániel, zöldség kertész, Szentes

Vidékfejlesztési Tagozat
Tagozati elnök: Fejes István, vidékfejlesztési szakértő, Aba

KAP 2014 Tervezési Munkacsoport
Munkacsoport vezető: Dr. Weisz Miklós, AGRYA társelnök

A tagozati elnökök és elnökségi tagok rövid életrajza elérhető a www.agrya.hu weboldalon, a Magunkról/Tisztségviselők link alatt.

A tagozatok megalakulásával megteremtődtek az AGRYA-n belül már meglevő szakmai együttműködések szervezeti keretei. A tagozatokon keresztül az AGRYA a szakmai kérdések szélesebb körében kíván állást foglalni és bekapcsolódni a döntés-előkészítési folyamatokba. A tagozatok segíthetik a Vidékfejlesztési Minisztériummal és a szakmai társszervezetekkel kialakított kapcsolatok erősítését, elmélyítését.

A tagozatok megalakításával az Országos Gyűlés lezártnak tekinti azt a folyamatot, amelynek eredményeként az AGRYA a generációs jellegét megőrizve, általános érdekképviseleti szervezetté vált.