Több mint 400 mikotoxin ismert, melyek előfordulása és aránya a kliamtikus tényezők hatására jelentősen módosul. A fertőzött gabona sem élelmiszernek, sem takarmányozási célra nem használható fel egészségre gyakorolt káros hatása miatt. Emellett bioetanol-gyártásra sem alkalmas, hiszen a magas toxintartalom a folyamat hatékonyságát csökkenti, és a keletkező melléktermék takarmányozásra nem hasznosítható. Fontos kiemelni, hogy a termés nemcsak a termőföldön, hanem a tárolás során is fertőződhet. Sőt, a nem megfelelő tárolási körülmények is növelhetik a tétel mikotoxin tartalmát.  Azonban a kórokozók nem csak mikotoxin szennyezést okoznak, hanem csökkentik a kukoricaszem csírázóképességét, tápanyagtartalmát, szárazanyagtartalmát és elszíneződést is okoznak - írja a NAK.

Leggyakrabban a Fusarium fajok által termelt toxinok jellemzőek -pl.: deoxinivalenol, zearalenon, fumonizin-, de a melegkedvelő Aspergillus fajok -pl.: aflatoxinok- jelentősége is egyre nő a klíma melegedésével. Emellett a Penicillium fajok által termelt másodlagos anyagcseretermékek is problémát okozhatnak. Minden évben számítani kell a kórokozók megjelenésére, de a kártétel mértéke jelentősen függ az évjárattól. A Fusarium fajok a fertőzött növényi maradványokon telelnek át elsősorban a talajfelszín közelében. A fertőzés többnyire sebzésen keresztül történik, de a kukoricaszemekről a kórokozó átterjedhet a csíranövényre is. Emellett a spórák a bibén keresztül is elindíthatják a fertőzést. A beteg magok elszíneződnek, és fehéres-rózsaszínes penészgyep alakul ki rajtuk. A Fusarium graminearum a legismertebb mikotoxinokat, az erős sejtméreg hatású DON-t (deoxinivalenol) és a reprodukciós szerveket és a májat is károsító ZON-t (zearalenon) termeli.  Azonban a csoport nagyon változatos, mind a fajok, mind a termelt toxinok tekintetében.

Egyre jobban nő a melegkedvelő Aspergillus fajok jelentősége is, melyek közül leggyakrabban az Aspergillus flavus fordul elő. Elsősorban raktári kórokozó, de már virágzáskor a bibeszálon vagy a rovarok okozta sérüléseken keresztül is képes a fertőzésre. A tünetek többnyire a cső végén sárgászöld színű penészgyep formájában figyelhetők meg. Tárolás során a magas nedvességtartalom és a szellőztetés hiánya miatt létrejövő alacsony oxigénszint is növelheti a termény toxintartalmát. A kórokozó által termelt alfatoxinok a legkárosabbak, főként rákkeltő hatásuk miatt.

A Penicillium fajok szintén a sérült csöveket, szemeket fertőzik meg, melyeken kékeszöld penészgyep alakul ki. A gombák által termelt egyik jelentős mikotoxin az ochratoxin, ami a vese károsítása mellett rákkeltő hatású is.

A toxintermelő gombák ellen csak szántóföldön lehet hatékonyan védekezni, ami a megfelelő fajta választásával kezdődik. A legnagyobb biztonságot a rezisztens hibridek jelentik, azonban a cső tulajdonságai (pl.: felfelé álló cső, csőre simuló levelek) is jelentősen befolyásolják a fertőzést. Az alacsonyabb vetéssűrűséggel, korábbi vetéssel és harmonikus tápanyag-ellátással is jelentősen csökkenthető a fertőzés. A monokultúrás termesztés is növeli a fertőzési kockázatot, mivel a fertőzött növényi maradványokon a kórokozók hosszú ideig fennmaradhatnak. Ezért a vetésforgó használata és a fertőzött növényi maradványok talajba forgatása szintén csökkentheti a kártételt.

Közvetlenül a gombák ellen hatékony védekezés növényvédő szerrel többnyire nem érhető el, mivel a kezelés időzítése, a kijuttatás technológiája, a hibrid tulajdonságai és a klimatikus tényezők ezt is jelentősen befolyásolják. A rovarok, főként a kukoricamoly (Ostrinia nubilalis) és a gyapottok bagolylepke (Helicoverpa armigera) elleni kémiai védelemre is nagy figyelmet kell fordítani, mivel a gombák fő fertőzési helyét a kártevők okozta sérülések jelentik.

Betakarítás előtt érdemes a fertőzöttség mértékét felmérni, mivel már a kombájn beállításával csökkenteni lehet a kisebb tömegű, fertőzött szemek betakarítási arányát. Emellett erős fertőzés esetén a betakarítás után minél hamarabb csökkenteni kell a szemek nedvességtartalmát. A tárolás során meg kell akadályozni, hogy a betárolt terményt víz érje, mivel a párás, nedves közeg kedvez a gombák számára is.