A Mecsekerdő feladata elsősorban az, hogy az állami erdővagyonnal gazdálkodjon, de stratégiájában ez elválaszthatatlan a természeti értékek védelmétől. A vállalkozás által folytatott természetközeli erdőgazdálkodás a természeti folyamatokat optimálisan használó és lekövető, a biológiai sokféleség megőrzését biztosító gazdálkodási elv. Ennek megfelelően például folyamatos erdőborítást biztosító eljárásokat alkalmaz, és következetesen csökkenti az agresszíven terjedő, idegenhonos fafajok arányát. Ezek mellett aktívan védi a vizes élőhelyeket is, hiszen a vállalat által kezelt 55 ezer hektárból 1400 hektárnyi erdőben összesen 125,5 hektárnyi ilyen terület található. A Mecsekerdő négyféleképpen valósítja meg a vizes élőhelyek kezelését: aktív védelemmel, élőhely-létesítéssel, pufferzónák fenntartásával és kutatással-megfigyeléssel.

Egyrészt tevékenységének fontos része a területén található vizes mikroélőhelyek - erdei pocsolyák, kis tavacskák - aktív védelme. Ezekből, illetve más jellegű vizes élőhelyekből, például láperdőkből, mocsarakból, nádasokból, tavakból több tucat található a Mecsekerdő erdeiben, melyeket a legnagyobb gondossággal kezel, szorosan együttműködve a Duna-Dráva Nemzeti Park Igazgatóság munkatársaival.

Másodszor a Mecsek több részén jelenleg is folyamatban van a vízvisszatartást szolgáló vizes élőhelyek létesítése, elsősorban az Agrárminisztérium vidékfejlesztést szolgáló pályázati forrásaiból. Harmadszor a vállalkozás által kezelt dél-baranyai erdők, különösen a Dráva menti ártéri erdők pufferzónaként, azaz a természetkárosító hatásokat csökkentő területként szolgálnak a ramsari egyezmény alá eső vizes élőhelynek, a híres szaporcai Ős-Dráva-medernek. Ez utóbbi jelentőségét mutatja, hogy Magyarországon - a Hortobágy és a Kis-Balaton mellett - egyike volt azoknak a vizes élőhelyeknek, amelyek 1979-ben elsőként kerültek a ramsari egyezmény védelme alá.

A Mecsekerdő által kezelt Dráva-menti puffererdőkben előszeretettel fészkelnek fokozottan védett madarak, például a rétisas. A gondos, természetes folyamatokat követő, azokra figyelemmel lévő gazdálkodásnak köszönhetően húsz év alatt háromszorosára, közel 160-ra nőtt a Baranya megyei rétisasfészkek száma. Ezeknek az erdőknek tehát nagyon fontos szerepük van abban, hogy a szaporcai Ős-Dráva-meder sokszínű élővilága fennmaradjon. A Dráva tágabb környezete, a Dráva-sík jellegzetes képet nyújt holtágaival. Állandó és időszakos vízállásokat találunk itt, erdei lápokat, mocsarakat. Talán legszebb területe a János-sziget Zaláta közelében. A tavasszal virágzó kockásliliom is itt található a Mattyi Erdőrezervátumban, illetve a gordisai erdőben.

Negyedszer: a vizes élőhelyek mérésének és monitorozásának lehetőségeit kutatja a Dráva mentén a Mecsekerdő kezdeményezésére megvalósult nemzetközi tudományos együttműködés, az OAK Protection. Ugyanis Magyarország erdeinek megmaradása szempontjából is egyre fontosabbá válik, hogy az emberek megértsék, milyen törvényszerűségek befolyásolják egy adott terület vízháztartását. Erdészeti szempontból különösen fontosak a kutatássorozat azon részei, amelyek a felszíni és felszín alatti vizek kölcsönhatásait vizsgálták.

(Címlapkép forrása: Mecsekerdő Zrt. / Guba Csaba)