Nagy István és Áder János is ott lesz az idei Agrárszektor konferencián!
Az idén először 3 napos konferencián előad többek között Bige László, Gyuricza Csaba, Éder Tamás, Feldman Zsolt, Jakab István, Harsányi Zsolt, Makai Szabolcs, Szabó Levente, Kulik Zoltán, Hollósi Dávid és még sokan mások...
Ne maradjon le az év egyik legjelentősebb agrárszakmai eseményéről!
A nagy áteresztőképességű szekvenálásban a közelmúltban elért technológiai fejlődés és a szekvenálási költségek zuhanása a genomszekvencia-adatbázisok soha nem látott mértékű növekedéséhez vezet. A közelmúltban számos nagyszabású szekvenálási kezdeményezés indult azzal a céllal, hogy a rovarok, gerincesek, gombák, növények vagy végső soron a Föld teljes eukarióta (valódi sejtmaggal rendelkező) biodiverzitásának genomját feltérképezzék.
Különböző biológiai vagy technikai problémák miatt azonban a genomok olyan szekvenciákat is tartalmazhatnak, amelyek nem a célszervezethez tartoznak.
A tartósított múzeumi vagy a metagenomikai - a természetes környezetből vett - mintákra támaszkodó projektek különösen érzékenyek a szennyeződésre. Ha nem fordítanak rá kellő figyelmet, a szennyezett referenciagenomok pontatlanul megjelölt szekvenciaadatokkal "mérgezik meg" a nyilvános adatbázisokat.
Gyorsabb, mint az eddigi megoldások
A nemzetközi együttműködéssel létrejött, Nagy László, az SZBK Biokémiai Intézet Szintetikus és Rendszerbiológiai Egységének csoportvezetője irányításával született publikáció az adatbázisokba tévesen feltöltött, idegen szekvenciákkal szennyezett genomadatok lehetséges következményeivel és a szennyezések kitisztításával foglalkozik.
A szegedi kutatók egy olyan új számítógépes szoftvert készítettek, amely a korábbi megoldásokhoz képest lényegesen pontosabban azonosítja be és távolítja el a genomi adatokban megbúvó szennyeződéseket, még akkor is, ha az egy közeli rokon fajtól származik, miközben az élőlények közötti tényleges genetikai információátadás, a horizontálisan géntranszfer révén szerzett géneket érintetlenül hagyja.
Komoly szennyeződést mértek
A kutatók a 844 megvizsgált eukarióta genom több mint felében mutattak ki bizonyos mértékű szennyeződést, melyek döntő többsége baktériumokból származott. A szennyeződés néhány esetben akkora mértéket öltött, hogy a közzétett genomadatokból egy második élőlény közel teljes genomja rekonstruálható volt.
A publikáció részletes példákon keresztül illusztrálja, milyen torzító hatással vannak a szennyező szekvenciák azokra a kísérletekre, amelyek az egyedi géncsaládok, valamint az élőlények evolúciós történetét kívánják feltárni.
Az együttműködésben résztvevő kutatók remélik, hogy eredményeikkel sikerül felhívniuk a tudományos közösség figyelmét a genomi szennyeződések eltávolításának fontosságára, valamint hogy a kifejlesztett szekvenciatisztító-szoftver az általánosan elfogadott genomi elemzési munkafolyamatok részévé válhat.
